换能器振动频率的不同， 可将波清洗分为超声清洗 （<100 kHz）和兆声清洗（800~2 000 kHz）。换能器振动频率的大小影响着液体中形成气泡的大小和密度，从而影响空化作用的强度。当频率较低时，气泡尺寸较大，密度较低;当频率变大时，气泡尺寸减小，密度增加。气泡尺寸越大，崩溃时产生的冲击力越大，去除颗粒的能力越强，但同时对晶圆表面的损伤也越大。不同频率下的空化强度不同。
在超声和兆声清洗中，虽然空化作用和声波流两种作用都存在，但发挥的作用不同。在超声清洗中，低振动频率使得气泡崩溃前达到的最大尺寸较大，空化作用较强，而声波流方向混乱，对颗粒的拖拽作用较弱，因此空化作用主导了清洗过程。兆声清洗与之正好相反，较高的频率导致了高速的液体流动，但气泡尺寸较小，因此声波流在清洗过程中起主要作用。
